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軟件介紹
Discovery Studio 2021是一款功能非常強(qiáng)大的化學(xué)實(shí)驗(yàn)軟件。這款軟件主要的功能就是讓用戶在編輯化學(xué)教材的時(shí)候能夠擁有更多的模型和圖紙?jiān)O(shè)計(jì)方案,如果您需要分析化學(xué)或者是分析分子模型,就可以通過這款軟件將您的數(shù)據(jù)可視化,將實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)放到軟件上轉(zhuǎn)換為三維分子模型,這樣您的定義實(shí)驗(yàn)結(jié)果的時(shí)候就更加清晰了。軟件擁有的功能非常多,軟件還允許用戶無縫地結(jié)合在現(xiàn)代研究中使用的各種方法來解決不同的計(jì)算問題,需要的歡迎下載使用。
安裝步驟
1在本站下載解壓文件,雙擊DS45Client.exe
安裝
2點(diǎn)擊下一步
3選擇安裝目錄
4點(diǎn)擊安裝
5安裝完成
7將破解補(bǔ)丁復(fù)制到軟件安裝路徑
8破解完成
軟件特色
Discovery Studio提供了化學(xué)分析的功能
支持將化學(xué)分析轉(zhuǎn)換到電腦上操作
可以在電腦上建立分析實(shí)驗(yàn)的模型
可以在三維的空間上設(shè)計(jì)分析分子以及蛋白質(zhì)的模型
軟件具有高度可視化設(shè)計(jì)能力
支持建立化學(xué)方程式以及實(shí)驗(yàn)報(bào)告
支持建立分子結(jié)構(gòu)以及生物數(shù)據(jù)報(bào)告
也可以通過軟件自己定義分子序列
具有七個(gè)不同的分析方案
從基礎(chǔ)繪圖到后期模型實(shí)驗(yàn)分析一應(yīng)俱全
軟件功能
一、基本界面和顯示模塊
Discovery Studio Standalone 可視化界面,是利用軟件進(jìn)行分子設(shè)計(jì)和模擬的基礎(chǔ),支持服務(wù)器-客戶端安裝在同一臺(tái)機(jī)器上的運(yùn)行模式。與Pipeline Pilot Server結(jié)合在一起,提供化學(xué)/生物學(xué)數(shù)據(jù)顯示、模擬/分析、構(gòu)建三維分子、展示動(dòng)態(tài)變化、三維作圖及許多其它功能
Visualizer Client 是服務(wù)器-客戶端運(yùn)行模式中、客戶端的可視化界面,用于訪問和使用服務(wù)器端的軟件。必須與服務(wù)器端配置的Pipeline Pilot Server協(xié)同工作,為用戶提供無與倫比的數(shù)據(jù)、工作流程和計(jì)算資源共享
二、蛋白質(zhì)模擬模塊
DS MODELER
只要給出未知結(jié)構(gòu)序列與另一個(gè)已知三維結(jié)構(gòu)蛋白的比對(duì),利用工業(yè)標(biāo)準(zhǔn)的快速同源模建方法,便可自動(dòng)并快速產(chǎn)生優(yōu)化的蛋白同源模型。對(duì)于靶標(biāo)發(fā)現(xiàn)及蛋白家族功能結(jié)構(gòu)分析,MODELER是一個(gè)理想的解決方案。用MODELER還可以模擬蛋白突變,進(jìn)行l(wèi)oop區(qū)模建及基于結(jié)構(gòu)的比對(duì)并構(gòu)建有配體結(jié)合的蛋白結(jié)構(gòu)模型。結(jié)合Sequence Analysis模塊,可以全自動(dòng)完成抗體Loop區(qū)模建。結(jié)合軟件里模擬及以結(jié)構(gòu)為基礎(chǔ)的藥物設(shè)計(jì)的功能模塊,用MODELER還可以深入研究蛋白結(jié)構(gòu)及功能的關(guān)系
DS Protein Refine
利用CHARMm對(duì)模建好的蛋白質(zhì)進(jìn)行側(cè)鏈和loop區(qū)的優(yōu)化,提高蛋白質(zhì)模型的準(zhǔn)確性
DS Protein Health
蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)合理性評(píng)價(jià)工具。Protein Health模塊運(yùn)用Profiles 3D方法,通過將三維結(jié)構(gòu)的結(jié)構(gòu)環(huán)境與特定氨基酸殘基的優(yōu)先外界環(huán)境相比較,獲得相關(guān)結(jié)構(gòu)性質(zhì)與氨基酸序列信息之間的關(guān)系。通過Protein Health模塊的分析,用戶可以方便快速地找到蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)中不合理的區(qū)域
DS Protein Families
通過分析某一蛋白家族蛋白序列的保守模式以及在三維結(jié)構(gòu)上的保守殘基的位置,可以在分子水平上更好地了解到蛋白功能機(jī)制。Protein Families的簡(jiǎn)單易用的流程(protocols),也可一步步地引導(dǎo)用戶進(jìn)行分析,從蛋白家族的序列或者結(jié)構(gòu)比對(duì),到進(jìn)化蹤跡分析。而進(jìn)化蹤跡分析包括用分層聚類的方法來建立蛋白家族系統(tǒng)樹圖以及把這些得到的功能注釋信息畫到你的三維結(jié)構(gòu)上去。進(jìn)行序列比對(duì)時(shí),允許根據(jù)需要對(duì)比對(duì)結(jié)果添加約束,提高活性部位關(guān)鍵殘基的比對(duì)效果
DS Sequence Analysis
與功能已知的其它蛋白的序列進(jìn)行比對(duì),是確定某一蛋白生物功能的第一步。用Sequence Analysis也可以讓用戶通過通用的BLAST及PSI-BLAST算法來搜索本地?cái)?shù)據(jù)庫(kù)或者NCBI網(wǎng)上數(shù)據(jù)庫(kù),確定蛋白序列的同源區(qū)域。結(jié)果在交互的報(bào)告格式里面顯示以方便進(jìn)行進(jìn)一步的分析及在其它模塊里面的使用。使用Blast搜索PDB或PDB_nr95數(shù)據(jù)庫(kù)時(shí),結(jié)果文件中可以顯示輸出蛋白質(zhì)的SCOP ID, Ligand ID以及X射線分辨率等信息
更新日志
新的數(shù)據(jù)庫(kù)又得到了化學(xué)結(jié)構(gòu)復(fù)制的方案
可以從數(shù)據(jù)庫(kù)上找到分子方程式的變量數(shù)據(jù)
也可以自己將實(shí)驗(yàn)的結(jié)果制作為研究模板
也可以針對(duì)不同類型的化學(xué)元素添加
支持使用電解質(zhì)方程插入到模型上
支持對(duì)分析的化學(xué)結(jié)果添加注釋信息
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